1998
metų balandžio mėnesio 28 dieną Kauno arkivyskupo metropolito Sigito
Tamkevičiaus dekretu Nr. 773, įsteigta Kauno Gerojo Ganytojo parapija.
1998 metų gegužės mėnesio 1 dieną Kauno
Gerojo Ganytojo parapijos klebonu paskirtas kun. Jonas Stankevičius.
Pradžioje, neturint savų patalpų, buvo
naudojamasi Dainavos vidurinės mokyklos aktų sale, kur sekmadieniais buvo
aukojamos šventosios Mišios.
1999 metų kovo mėnesį Kauno miesto
architektūrinė urbanistinė taryba ir Kauno arkivyskupijos bažnytinio meno
komisija pritarė architekto Algimanto Kančo pasiūlytam bažnyčios projektui.
1999 metų liepos mėnesį pradėta koplyčios
statyba.
1999 metų rugpjūčio mėnesio 13 dieną Kauno arkivyskupas
metropolitas Sigitas Tamkevičius ant įrengtų koplyčios pamatų aukojo šventąsias
Mišias ir pašventino kertinį bažnyčios akmenį.
1999
metų rugsėjo mėnesį įrengta laikina koplyčia ir raštinė. Nuo to laiko
šventosios Mišios joje buvo pradėtos aukoti kasdien, teikiami Sakramentai.
2001
metų birželio mėnesio 25 dieną Kauno arkivyskupas metropolitas Sigitas
Tamkevičius, dalyvaujant kunigams ir tikintiesiems, pašventino naujai pastatytą
koplyčią.
2002
metais toliau tęsiamas pastatytos koplyčios įrengimas.
2003
metais rudenį buvo galutinai baigta įrengtos pagalbinės patalpos, skirtos
parapijos sielovadai: katechezės kabinetas, patalpos jaunimui, choristams ir
kitoms reikmėms.
2004
metais pakloti bažnyčios pamatai.
2005 metais pradėti bažnyčios sienų mūro darbai,
pastatytos administracinės ir sielovadai skirtos patalpos.
2006 metais tęsiami bažnyčios sienų mūro darbai.
2007 metais baigti visi mūro darbai, uždengtas
stogas, įrengtos naujos administracinės patalpos, sielovados centras.
2007 metų rugpjūčio mėnesio 14 dieną, Žolinės
išvakarėse, Kauno arkivyskupas metropolitas Sigitas Tamkevičius, dalyvaujant
kunigams ir tikintiesiems pašventino šias patalpas ir kryžių, kuris buvo
iškeltas virš pastatytos bažnyčios.
2008 m. Ištinkuotas bažnyčios vidus, sudėti langai, durys,
įrengtas grindinis šildymas.
2008 metų
birželio mėnesio 22 dieną, buvo iškilmingai švenčiamas parapijos 10-ties metų įsteigimo jubiliejus. Į pastatytą parapijos
bažnyčią buvo iškilmingai įnešta stebuklingojo Šiluvos Švenčiausiosios Mergelės
Marijos paveikslo kopija, aukojamos jubiliejinės šventos Mišios. Šv. Mišioms vadovavo Kauno arkivyskupas metropolitas Sigitas Tamkevičius, koncelebravo generalinis vikaras vyskupas Jonas Ivanauskas kiti garbingieji svečiai.
2009 m. balandžio 30 d.- gegužės 3 d. Kauno Gerojo Ganytojo parapijoje vyko evangelizacinė šventė, skirta Evangelijos
žinios tūkstantmetei Lietuvai jubiliejui paminėti. Gegužės 3d., sekmadienį,
buvo švenčiami Gerojo Ganytojo atlaidai, minima Motinos diena, taip pat buvo
konsekruota bažnyčia ir altorius.
Evangelizacinė šventė prasidėjo ketvirtadienį, parapijos mokyklų diena. Šiltą
penktadienio popietę parapijoje rinkosi vaikai, kurie rengiasi Pirmajai
Komunijai. Parapijos katechetės pravedė renginį, kurio metu supažindino su Šv.
Brunono asmenybe ir parodos „Pažaislis: Lietuvos tūkstantmečio
atspindžiai" freskų nuotraukomis. Pirmasis mėnesio šeštadienis buvo skirtas Švč. M. Marijos garbei ir šeimų
dienai. Sekmadienį: be evangelizacinės šventės buvo švenčiami Gerojo Ganytojo
atlaidai, minima Motinos diena, o dieną vainikavo bažnyčios konsekravimo
iškilmės. Motinos dienos proga susirinkusias mamas sveikino jaunimo centro
atstovai. Konsekravimo iškilmėms vadovavo Kauno arkivyskupas metropolitas
Sigitas Tamkevičius. Jose dalyvavo vyskupas emeritas Juozas Preikšas,
arkivyskupijos kurijos kancleris mons. Adolfas Grušas, prel. Vytautas Steponas
Vaičiūnas OFS, Kauno I dekanato dekanas mons. Vytautas Grigaravičius, mons. dr.
Artūras Jagelavičius, Kauno Kunigų Seminarijos rektorius lic. mons. Aurelijus
Žukauskas, Kauno miesto parapijų klebonai, kunigai, taip pat ir atvykę iš kitų
Lietuvos vietų: Vilkaviškio vyskupijos kancleris mons. kan. Juozas Pečiukonis,
prel. kan. Vytautas Gustaitis, Telšių vyskupijos prel. bažn. t. dr. Juozas
Šiurys, Gargždų bažnyčios administratorius vicedek. kan. Jonas Paulauskas,
Šiaulių dekanas kun. Vytautas Kadys. Savo pamoksle arkivyskupas Sigitas
Tamkevičius dėkojo parapijos klebonui, tikintiesiems, kurie savo aukomis
prisidėjo prie bažnyčios statybos, sveikino motinas, linkėjo, kad Gerojo
Ganytojo parapija turėtų daug gerų šeimų, motinų, kad iš šios parapijos į
Viešpaties vynuogyną ateitų daug gerų kunigų. Arkivyskupas priminė šiai
parapijai suteiktą Gerojo Ganytojo titulą, įpareigojantį ypač atsakingai
rūpintis bendruomene, skelbti Evangeliją jos nepažįstantiems. Po pamokslo vyko
bažnyčios ir jos altoriaus konsekravimo apeigos. Atnašų procesijoje dalyvavo
parapijos pastoracinės tarybos, sielovados centro ir vidurinių mokyklų
bendruomenių atstovai. Jie dovanojo bažnyčiai šv. Mišių taurę, pateną, arnotą,
amžinąją lempelę, gongą. Šv. Mišių pabaigoje buvo pasirašytas Kauno Gerojo
Ganytojo parapijos bažnyčios konsekracijos aktas.
2013 balandžio 19 d., šalia
parapijos bažnyčios, klebono kun. Jono Stankevičiaus ir Dainavos seniūno Alvydo
Malinausko iniciatyva buvo pastatytas ir balandžio 21 d. vyskupo Kęstučio
Kėvalo pašventintas koplytstulpis Dainavos kaimo gyventojų atminimui.
Koplytstulpį iš ąžuolo išdrožė skulptorius Linas Heningas.
2012 m. balandžio 15 d. Kauno Gerojo Ganytojo parapijos
bažnyčioje 12 val. šv. Mišių metu buvo pašventintas relikvijorius, kuriame
saugoma Pal. Jono Pauliaus II kraujo relikvija. Relikviją parapijai padovanojo
Krokuvos arkivyskupas metropolitas kardinolas Stanisław Dziwisz. Tai buvo pirmasis
toks relikvijorius Lietuvoje.
2013 m. kovo 19 d. į Gerojo
Ganytojo bažnyčią su darbininkų komanda atvyko žymus Lenkijos skulptorius,
profesorius Czeslaw Dzwigaj. Jie atvežė Gerojo Ganytojo bažnyčiai profesoriaus
sukurtą ir Krokuvoje pagamintą tabernakulį, kuriame bus saugojama šv.
Eucharistija. Taip pat parapijos bažnyčioje buvo sumontuotas 10 m. aukščio
kryžius. Tai yra tik dalis suprojektuoto altoriaus, kurį šiai bažnyčiai sukūrė
prof. Cz. Dzwigaj.
2013 m. gegužės 5 d. Kauno
Gerojo Ganytojo parapijos bažnyčioje lankėsi popiežiaus ypatingasis
pasiuntinys, Krokuvos arkivyskupas kardinolas Stanisławas Dziwiszas. Jo
Eminencija 2012 metais padovanojo parapijai Palaimintojo Jono Pauliaus kraujo
relikviją, kuri yra saugoma pirmajame Lietuvoje įrengtame relikvijoriuje.
2015 m. balandžio mėn. 15 d. nutarimu, parapijos bažnyčios statytojas, bendruomenės įkūrėjas, klebonas kun. J. Stankevičius Kauno arkivyskupo metropolito S. Tamkevičiaus sprendimu ir nutarimu, atleistas iš klebono pareigų.
2015 m.gegužės 18 d. Kauno Gerojo Ganytojo parapiją perėmė naujas klebonas - mons. Kęstutis Grabauskas.