1998 metų balandžio mėnesio 28 dieną Kauno arkivyskupo metropolito Sigito Tamkevičiaus dekretu Nr. 773, įsteigta Kauno Gerojo Ganytojo parapija.

1998 metų gegužės mėnesio 1 dieną Kauno Gerojo Ganytojo parapijos klebonu paskirtas kun. Jonas Stankevičius.

Pradžioje, neturint savų patalpų, buvo naudojamasi Dainavos vidurinės mokyklos aktų sale, kur sekmadieniais buvo aukojamos šventosios Mišios.

 

1999 metų kovo mėnesį Kauno miesto architektūrinė urbanistinė taryba ir Kauno arkivyskupijos bažnytinio meno komisija pritarė architekto Algimanto Kančo pasiūlytam bažnyčios projektui.

 

1999 metų liepos mėnesį pradėta koplyčios statyba.

 

1999 metų rugpjūčio mėnesio 13 dieną Kauno arkivyskupas metropolitas Sigitas Tamkevičius ant įrengtų koplyčios pamatų aukojo šventąsias Mišias ir pašventino kertinį bažnyčios akmenį.

 

1999 metų rugsėjo mėnesį įrengta laikina koplyčia ir raštinė. Nuo to laiko šventosios Mišios joje buvo pradėtos aukoti kasdien, teikiami Sakramentai.

 

2001 metų birželio mėnesio 25 dieną Kauno arkivyskupas metropolitas Sigitas Tamkevičius, dalyvaujant kunigams ir tikintiesiems, pašventino naujai pastatytą koplyčią.

2002 metais toliau tęsiamas pastatytos koplyčios įrengimas.

2003 metais rudenį buvo galutinai baigta įrengtos pagalbinės patalpos, skirtos parapijos sielovadai: katechezės kabinetas, patalpos jaunimui, choristams ir kitoms reikmėms.

2004 metais pakloti bažnyčios pamatai.

2005 metais pradėti bažnyčios sienų mūro darbai, pastatytos administracinės ir sielovadai skirtos patalpos.

 

2006 metais tęsiami bažnyčios sienų mūro darbai.

 

2007 metais baigti visi mūro darbai, uždengtas stogas, įrengtos naujos administracinės patalpos, sielovados centras.

 

2007 metų rugpjūčio mėnesio 14 dieną, Žolinės išvakarėse, Kauno arkivyskupas metropolitas Sigitas Tamkevičius, dalyvaujant kunigams ir tikintiesiems pašventino šias patalpas ir kryžių, kuris buvo iškeltas virš pastatytos bažnyčios.

 

2008 m. Ištinkuotas bažnyčios vidus, sudėti langai, durys, įrengtas grindinis šildymas.  

2008 metų birželio mėnesio 22 dieną, buvo iškilmingai švenčiamas parapijos 10-ties metų įsteigimo jubiliejus. Į pastatytą parapijos bažnyčią buvo iškilmingai įnešta stebuklingojo Šiluvos Švenčiausiosios Mergelės Marijos paveikslo kopija, aukojamos jubiliejinės šventos Mišios. Šv. Mišioms vadovavo Kauno arkivyskupas metropolitas Sigitas Tamkevičius, koncelebravo generalinis vikaras vyskupas Jonas Ivanauskas kiti garbingieji svečiai.